Contestando a la pregunta concreta, tanto el RD como el RT van en el mensaje BGP de UPDATE que anuncia un prefijo. Van asociados a cada prefijo que se anuncia.
El RD permite que se anuncien diferentes prefijos aunque sean el mismo bloque de direcciones IP. Es lo que permite que la red 10.0.1.0/24 anunciada para una VPN sea diferente de la misma 10.0.1.0/24 anunciada para otra VPN. Sean anunciadas por el mismo o por distinto PE. Ahora ya, cómo gestiones los valores de RD es menos importante, su único objetivo es hacer que esos dos anuncios sean distintos.
El RT sirve para importar en la tabla de una VRF las rutas que quieras. Un PE exporta sus rutas con uno (o unos) valores de RT para cada VPN y así otros importan los que quieren. De nuevo queda en tu mano cómo configurar esto y puedes hacer cosas como por ejemplo que una VRF en un PE importe rutas de dos VPNs distintas, importando las rutas de dos valores de RT diferentes que están exportando los equipos de dos VPNs distintas. De esa forma puede tener la VRF de un PE que esté presente en dos VPNs y pueda comunicarse con equipos de las dos mientras que ellos entre sí no puedan comunicarse por no haber importado cada uno las rutas de los otros (por supuesto tienes que coordinar el direccionamiento IP de esas dos VPNs para que no haya solapes, dado que ahora tienen un elemento común).
Si no tenéis paciencia para leer las RFCs o la web de un fabricante (suelen tener manuales de configuración que explican todo eso, las gentes como Cisco, Juniper, Huawei...), tal vez algo como este blog post os sea útil:
http://packetlife.net/blog/2013/jun/10/route-distinguishers-and-route-targets/
